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口臭の原因の多くは、口の中の細菌が繁殖して微生物ガス（臭い）を発生するためと考えられています。口臭の主な成分は、メチルカプタンや硫化水素、ジメチルサルファイドなどで、これらは下水道の臭いとほぼ同じ成分です。
口臭の原因の一つに歯周病があります。歯周病にかかると、その原因菌である嫌気性菌が増殖して悪臭を作り出します。歯茎が炎症を起こし膿を出したりすると、ますます口臭がひどくなります。大きな虫歯がある場合も口臭の原因になることがあります。
また、注意しなければならないのは、口腔バランスの崩れも口臭に結びつきます。口の中にはもともと善玉菌がいて健康的な口腔バランスをとれるように守っています。しかし、口臭を消すために強力な洗口剤を使っていると、善玉菌も一緒に殺してしまうことになりますので、できれば漢方うがい薬などを用いるのが安心です。
なお、口臭の原因には、舌の表面を覆っている白いコケのようなもの（舌苔）や、睡液不足なども口臭の原因となります。加齢により口臭が強くなることがありますが、これは年を重ねるにつれ睡液の分泌量が減ることと関係しています。
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